Matthias Tischer studierte Klarinette bei Ralph Manno, Jan Doormann und Jean François Benda, Musikwissenschaft, Schulmusik, Erziehungswissenschaft, Kunstgeschichte, Philosophie, Germanistik und Soziologie in München, Weimar und Jena. Nach einer Promotion über Inhaltsästhetik in der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts habilitierte er sich nach Forschungsaufenthalten in Berlin und Harvard am gemeinsamen Institut der Musikhochschule Weimar und der Universität Jena, wo er neben Lehraufträgen in Berlin, Hannover und Oldenburg als Privatdozent tätig war. Er ist Professor für Ästhetik und Kommunikation an der Hochschule Neubrandenburg.

Sein Interesse richtet sich auf die Musikverhältnisse vom 18. Jahrhundert bis in die Gegenwart aus historischer, ästhetischer, soziologischer, pädagogischer und medientheoretischer Perspektive.